有機肥原料多種多樣，這里拿畜禽糞便為例，以發酵形式、流動過程、發酵狀況以及 提供氧氣的方式為依據，將發酵系統劃分為條垛式系統、發酵槽式系統和發酵倉系統 。

1.條垛式系統是一種傳統的堆肥發酵系統，它將原料堆放成多條平行的條垛，其截面一般呈梯形、不規則四邊形或三角形。這種發酵方法通常使用行走式翻堆機進行翻堆作業，以便定期為堆肥提供氧氣。行走式翻堆機又稱自走式翻堆機，按其行走方式可分為輪式翻堆機和履帶式翻堆機，不同的高度和左右輪距適宜不同的產量需求，用戶 可根據實際需要來購買相應的翻堆機設備。

2.發酵槽式系統是將原料放置在砌好的發酵槽中，由于有兩側墻壁擋著，便可以堆放較高的高度，較條垛式方法來說更節省空間，因此成為了有機肥生產廠家普遍使用的一種發酵方式。根據發酵產量的需求，適合槽式發酵系統使用的翻堆機有普通槽式翻堆機、鏈板式翻堆機、雙螺旋式翻堆機等等，發酵槽高度也由1米至2米不等，發酵槽寬度在3米至10多米這個區間。

3.發酵倉系統是將原料置于部分或全部封閉的容器內，控制通氣和水分條件，使物料得以進行生物降解。這種系統區別于前兩者的地方在于它將生產有機肥的原料放置在一個密閉的容器內進行發酵，整個發酵過程中在通風、溫控、濕控、物料腐熟及自動出料等方面實現了自動化。但從使用率上來講，由于其高昂的投資成本，發酵倉系統目前在發達國家使用較為普遍，實現了半機械化操作。